על התלמיד להשתתף בקורסים בדרג 4 לפחות בהיקף של 20-16 שעות סמיסטריאליות.
התלמיד יידרש להכין הצעת מחקר ולקבל את אישור וחוות הדעת של המנח/ים והוועדה המלווה בשנת הלימודים הראשונה.
חוות הדעת תסתמך על בדיקה שתתייחס להצעת המחקר ולכושרו של התלמיד לבצע את העבודה המוצעת.
הצעת עבודת הדוקטור הכוללת את נושא העבודה ותכנית מפורטת של המחקר, תוגש בכתב לוועדה החוגית לתואר שלישי. לאחר אישור ההצעה, יעבור התלמיד למעמד של תלמיד מחקר ויבצע את מחקרו
תכניות לתואר שלישי מתקיימות בחוגים הבאים:
תולדות ישראל, לשון עברית, היסטוריה כללית, ספרות אנגלית, פסיכולוגיה, מתמטיקה, מדע המדינה, חינוך, היסטוריה של המזרח התיכון, סוציולוגיה ואנתרופולוגיה, פילוסופיה, גיאוגרפיה, ספרות עברית, עבודה סוציאלית, לימודי א"י, סטטיסטיקה וכלכלה.
לתואר ד"ר במדעים- התכנית משותפת עם הטכניון.
תקופת המועמדות ניתנת להארכה ע"י הדיקן ללימודים מתקדמים על סמך המלצת המנחים, הוועדה המנחה והוועדה החוגית לתואר שלישי לפרק זמן של שנתיים.
ניתן להאריך את משך הלימודים בהמלצת הוועדה החוגית לתואר שלישי ואישור הדיקן ללימודים מתקדמים.
קיימת תכנית לימודי תואר שני ושלישי משולבים. על המועמד להיות בעל תואר ראשון בציון משוקלל 85 לפחות, בחוג בו הוא מבקש להמשיך את לימודיו וציון משוקלל של 76 לפחות בחוג בו אינו ממשיך בלימודיו.
