לימודי התואר השני מכוונים ליתר-התמקדות באחד מנושאי ההתמחות הנלמדים בבית הספר למדעי המדינה:
מנהל ציבורי ומדיניות ציבורית, יחסים בינלאומיים, פוליטיקה השוואתית ומחשבה מדינית. מושם דגש על עבודה עצמית של התלמידים ועל יחס אישי עם המורים.
בית הספר מציע מספר מסלולי לימוד:
מסלול הכולל עבודת גמר מחקרית- תזה, הנמשך עד שלוש שנים.
מסלול הכולל עמידה בבחינת גמר (ללא עבודת גמר), הנמשך שנתיים.
מסלול עם כתיבת פרויקט גמר מחקרי, הנמשך שנתיים.
תכניות ההתמחות:
ביקורת פנימית וציבורית, מנהל השלטון המקומי, מנהל ציבורי למנהלים והתכנית לתלמידי המכללה לביטחון לאומי.
הנושאים הנלמדים קשורים בתחומים מגוונים כגון: קביעת מדיניות ציבורית, התנהגות ארגונית, תכנון ותקצוב במנהל הציבורי, ניהול ופיתוח משאבי אנוש במנהל הציבורי, קבלת החלטות ועוד.
תנאי הקבלה להתמחויות מסוימות מצריך תנאי קבלה משתנים להלן הרחבה:
תלמידי המכללה לבטחון לאומי ותלמידים מקרב כוחות הביטחון, העומדים בדרישות הקבלה הרגילות של החוג- ציון 76 בכל אחד מהחוגים לתואר ראשון ואשר עברו ראיון אישי.
למסלול ביקורת ציבורית ופנימית: בעלי תואר ראשון במדעי המדינה או במקצועות קרובים בעלי ציון 76 לפחות בכל אחד מחוגי הלימוד. נסיון בתחומי המינהל ו/או הביקורת המיקצועית וראיון אישי.
למסלול מנהל השלטון המקומי: ציון ממוצע של 80 לפחות בלימודי התואר הראשון, ולא פחות מ-76 בכל אחג מחוגי הלימוד.לימודי השלמה לאלו שאינם בוגרי מדעי המדינה, ראיון אישי, מסמכים המעידים על ניסיון או רקע ניהולי בתחום מנהל השלטון המקומי (למעט סטודנטים צעירים).
למסלול מנהל ומדיניות ציבורית למנהלים: ממלאי תפקיד ניהולי בכיר בעלי ניסיון ניהולי של 5 שנים בוגרי תואר ראשון בציון 76 בכל אחד מחוגי הלימוד